八月二十四日，大学当局提出改革案，「同意学生诸君集会、自由散发出版品、撤销惩处、公开会计内容等主要的核心要求」，宣布会进行学生希望的改正和重组体育会、致力改善量产型教育、解散樱门事业部等[275]。此为意图终结暑假学生返乡前诸多纷争的妥协案。
然而，屡遭大学毁约的日大全共斗坚持进行大众团交。九月三日，到骏河台日大医院做定期检查的古田会长遭学生们包围，质问单方面背弃团交约定的理由，但遭机动队驱离。之后，校方对全共斗方面送交「不承认共斗会议代表日本大学全校学生」，「校方宣布，并不打算透过与共斗会议沟通来解决本次纷争。」[276]
同时八月三十一日，日大当局向东京地方法院申请强制排除的假处分，标的为遭「非法占据」的大学本部、法学部、经济学部等六处建筑，九月二日获得法院许可。过往国际基督教大学与芝浦工业大学曾通过假处分强制驱离学生，日大当局此举可说是在仿效这些前例[277]。
九月四日清晨五时，约五百名机动队员及教职员、工作人员前往执行强制驱离。学生方喊着「不要靠近，我们是在守护自由。希望机动队的诸位能理解我们。好不容易建构起来的自由，我们将拿性命来保护」，机动队则回应「现在起将由地方法院执行官进行驱离，希望你们立刻撤退。」[278]
学生方以投掷石头与桌子来抵抗，但约一个钟头后机动队拆毁街垒进入建筑，将学生追至天台并逮捕一百三十二人。因学生投掷石头等物品使机动队负伤超过五十人，其中一人头部重伤。驱离学生后的建筑物中，办公室徒留被学生放水浸泡、散乱的文件，出席簿也不知去向[279]。
校方召开记者会表示，鉴于暑假后于九月十一日重新开始新学期，以及全共斗坚持团交拒不妥协，所以採取强硬的措施。校方期待透过这次的强制驱离使纷争平息，在记者会上表示「应该许多学生都能理解校方的心情吧。」[280]
然而，在执行假处分的场合，照例必须对占据方进行审理与审讯事实，而此时却未对学生做任何审讯。为了支持日大斗争而成立的日大斗争支援辩护团从过往便推测校方可能做出假处分决定，所以当日大当局申请假处分时，学生与辩护团代表即对法院申请事实审问[281]。
即便如此，校方仍单方面进行假处分并请来机动队，辩护团提出抗议声明，据当时报导称，某日大干部表示「原本以为〔假处分申请〕有可能被驳回，但法院却迅速做出决定，实在让人惊讶。」[282]
但事态发展却未如校方所愿。由于大学当局单方面提出改革案，却在未事先联系甚至未曾预告的状况下，片面假警方之手採取假处分，结果给社会上造成大学自行放弃自治的观感，也给校方烙上不民主的印象。
为此日大教职员工会提出抗议文，认为「执行假处分的强硬政策不仅毁了对话的空间，也把解决问题的责任交给国家权力」，这反映出「放弃『大学自治』」与「理事会无能的对策」。有别于全共斗的另一个稳健追求校园民主化的文化团体联合，也对实施假处分提出抗议声明[283]。
此外，与过往相同，知悉假处分申请的只有古田会长等理事，他们并未与各学部教授会做过商量。为此经济学部教授会提出「抗议大学採取的法律措施」声明，法学部教授会也决议，「为了争取解决纷争的窗口，除了全部理事表明退职之日外，别无他法。」文理学部教授会、齿学部教授会也要求理事退职，齿学部教授会明言「若理事会不退职，将由学部执行管理经营权。」文理学部等七学部的助教授以下约七百名年轻教师也于七日展开集会，提出声明「要求理事会立即取消假处分申请，釐清自己的责任。」[284]
日大全共斗当然对假处分反弹。秋田明大等全共斗干部从过往就得知执行假处分的传言，因此事先离开经济学部的校舍，转移至骏河台的理工学部[285]。全共斗旋即提出紧急声明：「为排除大学当局─国家权力与机动队的接连进攻，只能透过斗争夺回据点，为了重建街垒，大家团结战斗来获取胜利吧！」文理学部斗争委员会则诉求「日大革命斗争」与「武装游行」[286]。
文理学部斗争委员会之所以高举「日大革命斗争」这种夸张的口号，是因为当时他们的情势分析指出，「解析古田体制，那就是一个培养帝国主义政策尖兵、不反抗帝国主义、对统治者言听计从的场域」，「改变现在的帝国主义教育，即意味着全面改革日大型的大学。在这层意义上，日大就是一个范本，扮演着帝国主义基石的角色。」而日大斗争，即是对日本「帝国主义」与「资本主义体制」的挑战。而无视既存自治会而组成的「全共斗，是跨越既存自治会、学生会的合法性框架而组成」，因「我们已确认在合法框架内无法做出任何改变」，力陈非法斗争的必要性[287]。
文理学部斗争委员会的分析，或许与后述他们受社学同ML派影响有关。当时的新左翼党派的理论即把一九五八年的勤务评定与一九六二年的大学管理法案定位为「对教育进行帝国主义式的重整」。
无论如何，日大全共斗被迫抵抗假处分。具备实践型战术家思想的秋田等人之后採取的作战方式为：执行假处分时事先撤离，避免有人被逮捕而消耗，待机动队撤退后再重新占领建物。九月四日下午二时，为了夺回执行假处分的法学部与经济学部建筑群，理工学部聚集了约一千五百名学生。桥本克彦表示，「这个人数是当时能动员的最大人数。各学部夜宿街垒的人数就是剧烈减少到这种程度。」[288]
这天的抗议集会上，发生了日大斗争以来的各种变异。法政、明治、中央等从其他大学集合而来的中核派、社学同ML派、社青同解放派、第四国际等各新左翼党派的支援部队（通称为「外人部队」）戴着头盔，手持角材或竹竿前来参加[289]。新左翼党派打算介入日大斗争藉此建立自身据点的算盘，加上加入新左翼党派的日大全共斗成员的想法，造成了此种事态。
「外人部队」的登场让许多日大学生感到困扰，也萌生了多种反应。有意见认为「因为校方让国家权力直接进入校内，所以〔我们这边也让『外人部队』〕介入是理所当然的」，也有意见指出「日大斗争是在追求民主化，与反覆搞政治斗争的全学联并无干系」，意见并不一致。但总的来看，拍手欢迎新左翼党派支援部队的日大学生很少，在集会上喊「全学联滚回去！」口号的人占了压倒性的多数[290]。
即便如此，校方的强硬态度引起一般日大学生的愤怒，因此并未放弃支持全共斗。当戴头盔的日大全共斗与「外人部队」列队前往经济学部与法学部时，约有三千名日大学生拍手迎接[291]，傍晚时分，机动队撤退后的法学部及经济学部校舍再度被全共斗所占领，并筑起街垒。
即便重新占领，只要法院再度同意假处分，就必然会再度引来机动队。隔天五日清晨五点，机动队再度前来，但日大全共斗事前得知该行动，为避免冲突，让固守的约一百二十名学生于凌晨三点离开校舍。这天街垒在没有学生抵抗的状况下遭拆除，校方雇用了约四十人负责警备[292]。
不过日大全共斗于当天下午两点起，在理工学部集结来自各部的约一千五百人，加上约三百名新左翼党派的「外人部队」举行集会，前往夺回建物。他们涌入校舍，驱离警备人员，筑起街垒重新封锁校舍[293]。
当天听闻消息的普通学生也赶来，大约五千至七千名日大学生与看热闹的人填满了神田的学生街，白山通的马路上被人以油漆写下硕大的「日大解放区」字样。某位学生如此写下当天的情形[294]：「没戴头盔的学生起初挤满了人行道，最终也加入马路上的队伍，参加之字型游行。当时连地面都在震动，当接近一万人的步伐统整后，大地犹如唿吸般摇晃、鸣动。」
在缺乏校园用地的日大，数千名学生聚集起来立刻就会形成填满马路的游行或街头集会。据说在街头上集会讨论的学生们也谈到「如果有校园的话，就不会在这种地方讨论了。」[295]
在街上集会之际，秋田议长站上了摆在十字路口的桌子进行演讲：「古田会长无谋的镇压斗争计画，造成了什么样的结果，我想，日大全共斗现在可以明确地、清楚地证明。现在我们要向古田会长及下属理事，在这里好好确认，为何以假处分这种拙劣不堪、不具丝毫诚意、一味执行镇压、逼迫的做法，迫使学生失去空间。另外，也要向各位同学们报告，就在今天，生产工学部的诸位也开始加入罢课。」现场爆发的欢声雷动，几乎盖过了秋田的演讲[296]。
《朝日新闻》记者高木正幸如此描写当天白山通的情景[297]：
在校舍假处分后第三度又被学生占领的五日，全共斗展开游行，戴头盔持角材的全共斗游行队伍进入经济学部一号馆后，在该学部旁的宽敞白山通马路上，数百名普通学生联手展开法式游行，抵达经济学部旁的人行道后开始静坐集会。有些人拿着书本，有些人提着书包。几乎都穿着学生的雪白衬衫与烫出折痕的裤子，展现出他们与学生运动者的不同。
学生们依次走至前方拿起麦克风。演说也不是那种断断续续的大吼口吻，许多人的讲话方式都犹如拿着课本逐行读出声音。……
「要不要澈底、完全打倒古田？」
从占领校舍的阳台上可以看到戴头盔的人，频频拍手。众多学生们的表情，当时何其认真。
大学周边的人行道上，有多处学生们讨论的团体。法学部一号馆旁几位学生对路过的中年行人详细说明经过。
「如果不通过这些诉求，我们又必须回去过被镇压以前痛苦的学生生活。」
「以前连像这样在马路上交谈都不被允许啊。」
「我的母亲也同意了，在事情解决之前将停缴下学期的学费。」
中年男性对学生的说明频频点头。
据高木称，六日夺回的经济学部一号馆前约有一百名日大全共斗的人举行抗议集会，附近来了约两千名普通学生，对他们报以掌声。警队为了整顿秩序出动，遭到普通学生的激烈抵抗。
暑假结束后，返乡的学生们陆续回到大学，面对突如而来的假处分强烈手段，学生们被激怒，一如早大斗争时请来机动队的情况，日大全共斗也从暑假的颓然状态完全恢复过来。可以这么说，原本只能维持一周至一个月的斗争高昂状态，因大学强硬手段而再次复活。
艺术学部的学生于一九六九年如此写道[298]：「夏天过了之后，斗争刚开始时的兴奋已经淡去，开始思考为何必须进行这场斗争，每天在街垒中真的是在战斗吗？内心充满着『为了什么』、『为何』等疑问。」即便如此，「因为机动队的介入，九月又让我们看到斗争气势高涨的状况。」若日大当局不进行假处分把事情暂时搁置，已从内部开始弱化的街垒或许就会自动崩毁。日大当局的强硬手段，反而收到完全相反的效果。
艺术学部斗争委员会也重整旗鼓。根据桥本克彦的回忆，艺斗委在这三天期间，由暑假中的三十人恢复到三百人的部队。……厌恶强暴事件的女学生们也在列队中露脸，回到了斗争中。摄影、电影、美术等各学科分裂后就消失的美术学科学生，也有不少人现身白山通的解放区。」[299]
隔天六日，又重新上演机动队介入，学生事先撤离，之后再度占领校舍的模式。掺杂普通学生的游行，加上看热闹者，人数上升到一万人以上。这天，因假处分中的校舍遭无端侵入，大学要求机动队出动驱离，日大斗争中首次发射催泪瓦斯弹，有三十五名学生因妨害公务而遭逮捕。七日又发生同样的事态，共有一百二十九人遭逮捕[300]。
七日在理工学部的抗议集会后举行了游行，除去约三百人的「外人部队」，大约二千五百人的游行队伍主力都是未戴头盔、不持角材的普通学生。但机动队以未申请的游行为由进行澈底管制，据当时报导称，「机动队员很明显对连角材都没带、毫无防备的学生施以靴子踹踢脸部、阴部的暴行，两三个人制服学生后就以硬铝盾牌的角殴打学生。」[301]
这种警备过当也可见于成田及佐世保等处。普通学生为反制警备过当，便对机动队投掷石块。某日大学生表示，「以前站在机动队面前只感到恐惧，现在根本不当回事，见到机动队就开始找石头。」部分凑热闹者也跟着投掷石块，学生们还对神保町的派出所投掷石块击碎了玻璃[302]。
这种撤离与重新占领，以及与机动队发生冲突的重复模式，在九月十二日迎来最高潮。大学当局预定十一日重新开始上课，此时明显不再可能，日大全共斗在十二日策划了至今为止最大规模的游行，并对普通学生展开宣传活动。日大当局十一日在报纸上刊登广告，称「神保町地区预计会出现激烈的游行活动。未参与的日大学生，为避免混乱，当天不要靠近周边区域，请採取谨慎的行动。」[303]
十二日，全共斗在工学部发起誓师集会，除支援部队约五百人外，共集合了约六千人，由新左翼党派及全共斗的「武装部队」领头，喊着「打倒古田、粉碎警察」在神保町周边游行。凑热闹与旁观者大量聚集，交通完全打结。警方出动约两千人的机动队，共逮捕了一百五十四名学生[304]。
根据学生方的证词，游行队伍中包含支援部队，约七百人戴着头盔，但大多都是没戴头盔的普通学生，既没带角材也没有带石头，但机动队的警备却较上一周更为强硬。
某位普通学生如此叙述[305]：「那根本不是什么适度的镇压，警察犹如暴力团体，对我们施加暴行。」「他们拿棍棒向我们冲来，以脚踹踢我们。当承受不住冲击的前方学生溃散后，位于第三列的我立刻暴露在机动队面前，他们拿盾牌殴打我，甚至给我戴上手铐。接着学生们开始投掷石块，机动队为了阻止学生，竟把戴着手铐的我们当作盾牌，实在让人无法接受。我们就这样承受伙伴们投来的石块，也有额头被砸伤的人。」
从理工学部出发的游行队伍共分四个梯队，朝神保町迈进。艺术学部的桥本克彦加入戴头盔的第一梯队，他如此记录十二日的模样[306]：
无数的群众挺身而起，让警察失去机能！这样的想法在我的胸中澎湃不已。……
走向神保町的十字路口，在九段下方向见到身着蓝黑色制服的机动队身影。我们当场止步。
约五百名机动队从该处向我们冲来。我感到脑部充血，膝盖发颤，拼了命站在那里，从夹克口袋中拿出石块，朝他们扔去。
不知为何，石头在我眼前二十公尺处就落地弹跳。该死，肩膀用太多力量了。又重新投掷，又弹跳，就像内野滚地球般轻快滚动。我脑袋更加上火，一颗接着一颗，共投了五、六颗石头。最后一颗飞向远处，朝着逼近而来的机动队的头上方而去，消失在天空中。
大家状况如何了？我一回头，却发现没半个人。这简直谈不上梯队，大家不断逃离。这时已经到了莫名其妙的状态，我也跟着逃跑。……无数的武斗棒散乱丢置，看来宛如一座巨大的火柴棒小山。我的脚被绊了一下跌倒。就在我前方有一个学生被逮捕，我想从他身旁蒙混通过，却不知被什么所击中，立刻就失去意识，毫无反应。
之后被带往铃兰通的东方书店二楼，我觉得是自己走路抵达的，但大概有脑震盪，记忆并不清楚。那里似乎有临时的救护班，给我打了一针。
这段期间，从靖国通一直到白山通，发生激烈的街头战，路上有近两万名的学生、市民与劳工。这些群众在第一梯队分散后，主要採取投石攻击，机动队在防石网外逮捕学生，一边使用防石工具一边退后，最终撤退到附近区域。……这一天机动队的暴力非常惊人，造成无数的受伤群众。
不过两万人的群众终究瘫痪了警察的机能。……无论谁看，都能知道已获得完全的胜利吧。此时期的日大全共斗，可说充满了近乎无限的能量。
然而，五月时支持日大斗争的附近商店街，在九月的街头战后态度逐渐转变。商家要么玻璃被砸破，要么无法开店，受害的三崎町商店街在九月七日的游行后，在法学部、经济学部周边张贴抗议文[307]：「我们居民绝对无法忍受当下遭遇的困扰。希望及早解决纷争恢复和平的学生街道。我们居民并不偏袒任何一方，一直以来也亲自对日大当局提出严厉的抗议书，要求解决争端。各位学生请坚持身为大学生的良知，请不要危害周边居民生命、财产的安全，也不要做出妨碍营业的行动。」
神田神保町的商店会与町会早在七月二十日古田会长计程车遭学生包围的事件后，提出「不相干的地方居民绝对不会容许自身权益受害」的请愿书，要求把大众团交的场地从位于当地的日大法学部改至他处。九月十日，三崎町会长访问警视厅与文部省，诉求「希望保护居民」[308]。
某神保町的旧书店老闆投稿当时的杂志，表示[309]：「最初同情学生方，甚至想了很多游行战术。」但九月上旬一连串的街头战中，商店的窗户遭砸碎，逃离机动队的二十至三十名学生破坏商店出入口穿着鞋就闯入店中，此外屋顶瓦片也被机动队砸毁，自家宅邸蒙受相当程度的破坏。为此，「见到那群家伙实际的行动后，不得不重新思考自己同情的想法。」
这位旧书店老闆还表示，「这不只是我的商店，这条马路上的许多店家都遭遇同样的破坏」，并说道[310]：
游行结束后，他们意气风发地聊着「今天大获全胜啊」边经过我的店前，这让商店街的人们感到一股无法压抑的愤怒。我拉住学生质问他们「这种状况谈何胜利？」接着跟他们东拉西扯地争论，他们说「从腐败的资本主义出发的想法，理解不了我们的革命路线。我们必须全面性地、压倒性地赢得革命胜利，实实在在地越过那道高墙。什么店家的损害？那种事情根本是胡说八道」，他们反覆地说着这种内容，宛如不断盖着同一枚印章，根本无法对话。这种学生，即便教授或学部长跟他们对谈，我想也不可能谈出什么结论。在反覆沟通无果下，甚至有路过的行人说：「我绝对不让我的儿子去上大学。」
我呢，则认为即便如此，仍想理解他们的想法，我在静坐于十字路口的游行队伍旁站了超过一个小时，试着倾听领导层学生滔滔不绝的长篇大论。但听到的尽是「我们，尽我们的，所有的，一切力量，绝对要，粉碎」这几个词的反覆排列组合，完全不懂内容在说些什么，所以最终只能放弃。……
但，即便他们那么说，一旦被机动队追捕时就穿着鞋闯进别人家，央求「奶奶，让我们躲藏一下吧。」因为是学生干出来的事情，所以社会观感都比较宽容吧，此时他们表现出来的就是这种儿童撒娇般的态度。挥舞着角材交战时就是革命的斗士，情势转坏立刻变成爱撒娇耍赖的学生，世上有这么不合理的事情吗？
与这位旧书店老闆及其他行人对话的，究竟是日大全共斗的学生，抑或是来自其他大学新左翼党派的支援部队，又或者是普通学生，目前已无定论。从谈话内容看来，恐怕是新左翼党派的支援部队，或者在日大加入新左翼党派的学生。因此，上述旧书店老闆叙述的学生形象，是否能代表九月参与街头战学生的一般形象，仍有疑义。但，根本无从理解这些缘由的当地居民，对日大斗争的态度开始转为强硬。
大众传媒的反应也相当微妙。日大斗争获得连日报导，秋田明大议长的名声响彻全国，对他们表露善意的报导并不在少数。但九月上旬，报导在神田学生街上连日与机动队发生冲突的报纸，刊登了〈不惜把旁人卷入麻烦的日大〉、〈占领骚乱中有人在街头投石〉、〈催泪弹示威长期化有碍生意〉等报导[311]。也开始有媒体把日大全共斗学生形容为「暴力学生」。
同时，有一定人数的学生批评日大全共斗左倾化，或因长期斗争感到疲倦而离开。假处分前一天的九月三日，约一千名学生为了要求尽速重新上课而举行集会。日大全共斗指责主办团体的「日大重建协议会」的议长等人与大学当局存在密切关系，批评他们的行径是在「破坏罢课」，不过此集会能聚集约一千人，已经反映从五月到九月局势不断在变化[312]。
古田会长在九月四日执行假处分后的记者会上，表示「这个措施其实是要让大学恢复上课，学生家长、校友会、大四生一直都强烈希望能解除街垒，从十一日起恢复上课。」[313]即便把此段发言当作藉口，如第II部所述，一如过往大学斗争般，不难推测已有部分担忧毕业与就业危机的大四生与学生家长希望恢复上课。
实际上，日大斗争同样没有太多大四生参与。一九六八年六月时，某大四学生对杂志访谈表示[314]：「我面临就业而无法参加运动，不过全面支持共斗会议。」这样的大四生在秋天后背离持续左倾化的全共斗，也在意料之中。
反之，六月的日大相关人士座谈会上，有人如此表示[315]：「一年级生非常激进，几乎是拼了命在干。他们才刚进大学，进入之后得不到令人满意的授课，而且检阅制度几乎与高中相同，对这种不像大学的气氛感到失落，所以当发生这种骚动时，他们特别有共鸣。」总之，不难想像暂时无需考量就业问题的大一新生更为激进。
此外，高举稳健路线的文团联（文化团体联合）民主化推进委员会，于九月七日发布声明。该声明指出，反对依靠国家权力解决问题，要求全数理事退职并尽快举行全校公开讨论会，但也包含了「绝对反对其他大学、全学联的介入」的条款。接着十二日，文团联在两国的日大讲堂集合约五百名学生，与永田菊四郎校长等人展开对话。日大全共斗的约三十名头盔部队则在日大讲堂前叫喊「粉碎文团联」，不过对话总算平稳进行[316]。
但在九月时，校内情势仍朝对全共斗有利的方向持续发展。九月四日至十二日，在假处分相关斗争的高潮期，如前所述的文理学部、齿学部、法学部等教授会要求理事会退职，除此之外，十二日生产工学部、十九日与二十日医学部与齿学部展开罢课，确立全校罢课体制[317]。
就这样，日大校内斗争不断扩大，连日的街头战获得报导，让社会聚焦于日大斗争，秋田明大名声大噪，普通学生也士气高涨。根据桥本克彦的回忆，此前被戏称为「笨大生」的日大学生，这时期持续抱着「我们不断干出了不起的事情」的心情[318]。
但桥本也提到[319]：「然而，与此同时，虽然只有些微迹象，但已经出现骄兵必败的徵兆。对日大全共斗而言，此时明显处于顺风顺水的状态，于是显得自尊自大，毕竟此时无需冷静的自觉，因为一切都很有利。」
在神田与机动队发生冲突之际，日大全共斗书记长田村正敏针对女性周刊杂志一连串的问题回答道：「你认为普通学生支持全学共斗会议吗？」「真的支持。不支持的只有右翼的诸君们啊。」「你们对商店街算是制造麻烦吗？」「希望他们理解我们斗争的意义。」然而此访谈报导的副标却是「你们打算破坏神田的街道吗？」[320]
在神田观看连日「城镇战」的人们，不见得是日大全共斗的支持者。其中一名看热闹的人对杂志记者表示[321]：「学生运动就是在玩军队扮演游戏。他们内心其实打算利用在学期间，尽可能增加自身的社会体验吧。」日大学生们把自己的行动称为「日大斗争」，但杂志报导中则写作「日大骚动」。
十月的座谈会上，日大全共斗的某干部如此叙述[322]：「我们不可能失败吧。每次举行集会，都至少有五千人到场，所以我们有自信，机动队也不足为惧。」这位发言者如何看待包含大四生在内的普通学生的微妙转变，以及如何面对商店街等的舆论潮流变化，已无从确定。
日大全共斗的激进学生中，反而出现了更加激进勇勐的议论。如前所述，九月时文理学部斗争委员会已经提倡「日大革命斗争」的称唿。根据桥本的回忆，九月中旬时，艺术学部斗争委员会也主张「就这样由学生管理日大」亦属可行[323]。
同时新左翼党派也确实地在渗透中。据桥本称，「进入九月后，法斗委俨然带着中核派的色彩，而且任何人都清楚文理斗委带着ML的色彩。」[324]一九六九年的某全共斗运动相关书籍也记载，日大全共斗内部「大型的新左翼党派中，如中核派以法学部、理工学部为根据地，ML派以文理学部、经济学部为据点。」[325]这些属于某类传言，但新左翼党派渗透日大全共斗仍有一定程度的事实根据。
在日大，中核派与社学同ML派之所以受到欢迎，似乎是因为这两派比起理论，有更重视武装斗争的倾向。同样不擅长理论但重视「干劲」的日大全共斗学生，对这两个新左翼党派有更高的亲近性。
某文理学部斗争委员会的学生表示，「我们认为不错的新左翼党派大概就是ML与中核这两个吧。因为我们同样有干劲的缘故。」[326]反之，重视理论而不进行街头斗争的革马派，则在如东大或早大般的菁英大学更具势力，却无法渗透到日大。
但厌恶新左翼党派渗透的无党派运动者，也发出如下声音[327]：「不管哪个党派都显现出他们私底下打着什么算盘。他们打算在日大斗争进行到差不多的时候就撒手，只想控制自治会与合作社。我们可不记得一直以来做过这种斗争。」如第四章所述，自治会费与合作社利润对新左翼党派而言是相当有力的利权。如果以此为目的，则与日大当局进行高层交涉，取得日大承认他们的利权才是最快的方式。
而根据桥本的回忆，尽管各新左翼党派基于自身的思想定位日大斗争，但也「几乎都把日大斗争定位成必然到来的七○年安保斗争之前的活动，以这样的时程表来思考。」「然而，他们做出的评价却与日大学生的实际感受有所落差。」[328]
如前所述，日大全共斗中也存在讨厌马克思主义，自称右翼的学生。据桥本称，因新左翼党派不断渗透而开始讨论七○年安保斗争或日本革命后，抱持违和感的人「开口次数逐渐减少」[329]。能够无碍地认知状况与谈论运动理论的，只有熟习新左翼党派词汇的学生才办得到。
当时「无党派」一词尚未普及，大多数的时候都把未参加新左翼党派的学生称为「非政治」。日大全共斗的田村书记长在一九六九年九月如此写下日大斗争败北的原因之一[330]：「非政治的诸君不愿承认新左翼党派，党派的诸君也不愿承认非政治的学生。彼此间不是互相轻视，就是干脆无视，双方仅有这种对应方式。如此运动本身自然无法顺利，关于运动本质的重要问题也不可能获得开展。」
最终日大全共斗内部开始流传「那个家伙是XX派的」，给他人贴标籤的行径横行。根据桥本的回忆，「我被贴上第四国际派的标籤。当然，作为讨论的对象，我本身跟他们〔第四国际的同盟成员〕交情不错。事情演变得益发难以处理，彼此互贴标籤的情形不断。」据桥本称，艺术学部斗争委员会书记局也已经「被贴上第四国际的标籤」。另一方面，艺术学部的街垒内，中核派或社学同ML派也持续举办读书会[331]。
随着新左翼党派的渗透，原本街垒最大的魅力所在，也是活力所在的自由讨论，逐渐变得停滞。桥本如此说明道[332]，「那是理所当然的。发言者如果已属于某个党派，便没必要拼命询问对方，对方也无必要努力说明。因为讨论的总结，不过就是依照党派主张做结罢了。」「如果想解析党派性的病理特徵，花上数万字来解释也是一种方法，但在街垒内的状况是，党派性这种病理特徵，首先就会浇熄讨论的热情，滋生某种颓废的状态。在战斗的现场丧失了仔细交谈相互转化的机会，这种交流的消逝其实是种致命伤。」
日大全共斗的中央层级，同样因为新左翼党派的渗透，使得讨论逐渐消失。据桥本称，一九六八年九月时，「如特意以区分党派的角度来观察日大全共斗中枢，那他们就是ML派与中核派的混合体」，「全共斗本部会议就在此种党派背景之下运行。」且「由各学部斗争委员会代表集合而成的全共斗本部会议，称其为联络会议更为适当。该会中并不进行讨论，与其说在该场合制订方针，不如说是在全共斗中枢的某处先决定方针，该会只是揭示该方针的场域。」[333]另有一说指出，日大全共斗内的两大势力中核派与ML派，「在战术会议的场合，屡屡有剑拔弩张的状况。」[334]
同时，日大全共斗的学生也对漫长的斗争感到疲惫。从九月四日至十二日的假处分加上连日的街头斗争，日大全共斗遭逮捕者达到五百人。光为他们组织支援体制，聘请、分配律师，就得耗费大量时间与金钱。即便因大学强硬手段使斗争恢复活力，但街头募款金额减少等因素让日大全共斗无法解决资金不足的问题，加上九月上旬的街头战更增添不少消耗。据当时的报导称，九月十二日神田的街头战后，学生们表示[335]：「累了。已经有三个月没回住处了，总之就是为了斗争获胜而一直战斗至今。可是我们的体力也有极限……总之就是累了。只希望能什么都不考虑，好好睡上一觉。」
「我呢，在持续这场斗争之下，不断变得空虚。不知道为了什么，现在我在思考继续这样究竟是否合适啊。」
「我们现在是最痛苦的时刻。钱也用完了，体力也消耗殆尽，而且彷彿在后头追击一般，四日与七日一口气被逮捕了许多人。总之内部或执行部都已七零八落了。……如果进入持久战，必然会败给国家权力啊。」
九月的街头战中大多数遭逮捕学生并非犯下重罪，到十月底前几乎都已获释。但根据日大全共斗的某学生说法，「也有人被关进监狱后便改变立场，获释后就从同伴之间消失不见。」[336]
而在九月十二日的街头战之后，据说位于游行队伍最后端的日大学生如此嘟囔[337]：「秋田君就业一事，不知道大家是怎么想的。〔斗争与罢课〕不赶紧结束的话，〔就不能毕业〕会让人感到困扰啊。」
根据立花隆于一九六九年的採访，因秋田本人也是大四生，故日大斗争爆发前，据说「他内心也反覆出现迟疑与犹豫」。据立花的採访称，秋田也「为了就业被父亲带去走动，建立一些人脉，也曾提过想去别的大学就读研究所。」[338]
五月斗争开始后，秋田每天都忙着指挥斗争，但似乎他也没料到斗争会变得长期化。前述的小中阳太郎于一九七三年回忆他在一九六八年初夏造访日大街垒时的经验[339]：
「运动尚未陷入泥沼，学生们也认为只要校方愿意答应全面公开会计状况，事情就能解决。」小中在杂志中写到有关秋田的事情：「看着濑户内海的蓝色海洋长大，秋田说斗争结束后他想背个背包去北海道。他希望能尽快将旅行的梦想付诸实行。」
如前所述，日大全共斗成立时的要求，全然未包含七○年安保或革命等要素，只是要求符合一般常识的民主化。包括秋田在内，对大部分参加日大斗争的学生们而言，他们都没预料到斗争会如此漫长，换言之，没预料到大学方面竟会坚持拒绝符合一般常识的民主化要求。
在这种状况下，日大全共斗的出路十分有限。
其一是，维持现有路线持续斗争。九月十二日的街头战之后，带着水蓝色头盔的无党派日大全共斗学生向杂志记者说道[340]：「我们一直以来持续对校方要求大众团交，但总之，我们已经无法忍受古田重二良会长对大众团交的回应──那就是派出国家权力的爪牙，在九月四日与七日逮捕了数百名我们的同志。试想，我们除了拿着武斗棒誓死战斗外，还有什么选择呢？」
其二是，唿吁新左翼党派给予全面性的支援，藉此补强日大全共斗。在九月十二日的街头斗争后，果然有隶属中核派的日大学生如此主张[341]：「我赞成全学联介入。如果他们愿意支持我们的日大斗争，作为行动队站在前头，我认为这场斗争绝对能获得胜利。」
但从结果而言，日大全共斗选择了第三条道路。那就是想尽办法把大学拉入大众团交中，藉此让斗争及早结束。
在一连串的街头战之后，九月二十四日，全共斗向校方要求大众团交，上一次要求是在八月四日，当时遭校方片面毁约。校方并未回应举行大众团交的要求，不过提出了让步案。后因申请假处分与请来机动队，最终反而引发反效果，加上各学部教授会要求理事会全部退职，以及全校确立罢课体制，九月二十一日的记者会上，大学当局抛出提案：撤销集会与出版许可制度；改革本部体育会；全面公开会计内容；取消申请假处分，并且同意当文部省发下认可公文后理事会将全体退职[342]。
但对此提案，全共斗方在二十一日晚间的记者会上声明，「因为时至今日大学一直轻易毁约，我们实在无法相信校方的回答文书。理事会全员绝对有必要走到学生面前让群众确认。」校方则回应，如果是大约二十名左右的学生代表，将愿意会面，但全共斗仍拒绝，要求大众团交。最后于九月二十九日，理事学部长会议上决定于三十日下午三点假日大讲堂进行「全校集会」，这已经算是实质上的「大众团交」[343]。
但如前所述，八月时大学当局公开表示，不承认日大全共斗为学生方代表，那为何这样的大学当局会答应与全共斗进行「全校集会（大众团交）」？关于这点并无留下决定性的证据，但有留下一些风闻。
根据桥本克彦的回忆，据说那是全共斗干部与大学当局秘密交涉的结果。桥本称，「为何能达成九月三十日大众团交，有力的传言指出从九月十二日以后就有台面下的事前交涉。全共斗方推出全权代表一人，与代表校方意志的人物，通过居间人物沟通。他们之间讨论了什么，约定了什么，至今依旧不明。我并无打算把这种沟通称为高层交涉。但九月三十日的大众团交是透过台面下的事前交涉，做出事先约定后，才出现大致的剧本。」[344]
日大全共斗与日大当局之间是否有过高层交涉，此事真相不明。但反全共斗派，组成「日大有志会」的法学部四年级生佐藤松男也在一九六八年底给杂志的投稿中主张此一说法。
据佐藤称，自己的团体于九月二十四日、九月二十八日分别举行第一次与第二次「大论争集会」，「从该会延伸出来，由各学部的有志之士组成日大有志会，第一次总誓师集会于九月三十日〔在两国的日大讲堂〕举行」，然而「学校当局突然在九月二十九日傍晚紧急公布，第二天下午三点将于同一场所，亦即日大讲堂举行全校集会。」根据佐藤的说法，大学当局判断「与全共斗会议之间的高层交涉并不具危险性」，故为了不使有志会举行总誓师集会，所以决定在同一时间同一地点举行全校集会[345]。
这段证词称不上确定性的证据。然而，同时代也有其他出版品指出有「高层交涉」，因此上述流言曾被传布，显然是个事实[346]。何况陷入无计可施状态、显出疲态的日大全共斗，即便打算用高层交涉这种手段为斗争打开新局面，大概也不至于受到指责。日大斗争的最高潮，亦即九月三十日假日大讲堂举行的「大众团交」上，从一开始就充满混乱。
自一点起在日大讲堂举行集会的「日大有志会」学生们，指出日大全共斗「不是中核派就是ML派，那些接受外部团体指令的一部分学生」，「不能代表我们」。接着他们批评「无视普通学生的意志，古田会长与秋田明大议长之间具有密约，欲藉此收拾事态」，参加者齐喊「粉碎全学联！粉碎全共斗！全学联的打手滚出去！」口号[347]。
之后有志会的学生与终于抵达的全共斗学生之间爆发争论与摩擦。有志会的学生指责戴头盔的全共斗学生「对话的场合为何戴着头盔啊」，「既否定教育，也否定日大，你们打算打造些什么？社会主义国家吗？荒唐至极。你们这些家伙只会一味批评，根本没有做出任何建设啊。」全共斗学生则反驳，「戴着头盔，举行未申请的集会，我们只能透过破坏校方规则的形式搞运动，别无他法，不是吗？」[348]
最终由经济学部周边赶来约两万名学生助阵，全共斗方喊出「右翼滚回去！学校的走狗滚蛋！」的口号，赶走有志会与体育会的学生[349]。之后普通学生亦陆续前来集合。
这天，日大买下的前国技馆，也就是两国的日大讲堂聚集了两万人，另一说聚集了三万五千名学生[350]。其中大部分都是没戴头盔也未持角材的学生。对于入学典礼或毕业典礼至多只能集合约五千名学生的日大而言，这称得上空前的大集会。前一天才宣布将举行集会，此时竟然从一楼到四楼都坐满日大学生，这样的人数也展现出他们有多关心。四楼的地板甚至因为学生的重量而迸出裂缝。讲台上的全共斗干部负责议事进行，下午三点半古田会长等理事们进场，学生们拍手欢迎并交杂着「理事全数退职！」的喊声[351]。当时的报导称，「古田会长睁圆双眼说道『没想到会聚集这么多学生』，全共斗会议的干部则露出意外的表情，以为『古田不会又要毁约了吧？』」[352]。
审议首先由大学唸全共斗送来的通知书开始。理事会附加的条件为「九月三十日午后三时起至五时止，必须严守时间」，「不得携带头盔、角材、麦克风等入内」，「本集会由大学主办，故需遵从大学指示。」全共斗的学生们因此将头盔与角材堆于一隅[353]。
但集会仍依照全共斗的节奏来进行。全共斗方宣言，「我们使用头盔、棍棒作为防身工具，这是我们守护运动的防御手段，必须确认这点。」此外，全共斗主张此「全校集会」并非「单方面的说明会」，而是「大众团交」，诱导出全部理事「承认大众团交」的回应[354]。
全共斗更进一步宣布：「我们已经不再是过往言听计从的羔羊。我们已经清楚了解自身的自由、自己的态度，理解必须由自己打造日本大学镇压下绝对不会出现的，真正的日本大学」，会场学生闻言涌出大量迴响。这段发言展现出日大斗争中混合了确立「自身态度」的探索认同要素，以及打造「真正大学」的「保守性」大学观[355]。
之后，全共斗方逼迫校方道歉与进行自我批评。针对在大学指示下体育会学生动用暴力、片面毁弃大众团交的约定、申请假处分与请来机动队等事宜，让理事进行自我批评，并迫使古田会长在誓约书上署名，还让会长与各理事在保证书上签名盖章，承诺解散本部体育会、由学生自我管理学生会馆、全部理事退职、不对斗争学生提出惩处名单等。
校方当初要求两个小时的「全校集会」，但会议却歷经十二个小时后才结束，此时已是凌晨三点。这段期间校方的出席者仅喝过牛奶，古田会长因疲劳过度而倒下[356]。各理事从学生处领到两瓶牛奶与一个寿司便当，但据某理事称，「学生什么都没吃，我们怎么可能自顾自地吃寿司。」[357]
全共斗提出的诉求几乎悉数通过，在理事会上理事决定全体退职，但并非立刻全部退职。因此，全共斗为了确认，与校方约定于十月三日再度进行大众团交。全共斗派的学生嚷嚷着「唉呀，古田这家伙，又在给人添麻烦了」，「要确实遵守约定呀，你们这些家伙可是教育人士吧」等等。最终在齐喊「打破古田体制！全共斗继续战斗！日大斗争获胜！」的口号与纸片碎屑的彩砲后，以《国际歌》的合唱闭幕。当场虽然也可听到一部分校歌的合唱，不过《国际歌》的声势显然具有压倒性优势，这也显示出气氛有所变化，已与五月不同[358]。
然而，聚集的学生们并非全然一致。全共斗的学生反覆向理事们要求，希望确定再度召开团交，此时会场内纷纷冒出「真固执」、「够了吧，不是都知道了吗」等吵嚷声浪。此外，要求理事们承认全共斗是学生们的唯一代表时，会场中也四处冒出叫嚷，促使改变议题。当时报导指出，「『团交』九十九％以上依照全共斗会议的步调进行，但参加的学生成员广泛，在由『学生大众』控制共斗会议这点上，也是事实。」[359]
在五月展开罢课后的第一百一十三天，「大众团交」实际上以学生方的胜利告终。大部分的学生因斗争当初的诉求都获得通过而沉浸在胜利感中，但也有部分学生抱持着违和感。
同时，有部分激进的运动者们则主张比大学制度改革更前卫的「校园自主管理」等诉求。作为其中一员的桥本克彦，对从一开始因大众团交而与大学当局展开交流对话感到不满，在会议结束之际思考「只有这样的成果，值得加以承认吗？」叫嚷着：「完了。解除罢课的话，校方又会逐渐展开攻势，只要两、三年又会恢复原状。这就是日大啊。」[360]
另一方面，也有稳健派的普通学生认为，可以透过数万学生的人数压力以及长期的追究让诉求通过，藉此达成大学民主化。此外有人也表示，在数万人的大众团交中，身为大众的其中一员往往会遭埋没，无法感受到人际交流也克服不了疏离感。当时的报导刊登了两位普通学生的发言[361]：
「『大众团交』成为学生单方面要求校方承认的『人民审判』（当时中国文化大革命中对『腐败分子』进行定罪的集体声讨）。这让人感到悲伤，这种做法真的能够解决问题，让校园民主化吗？」
「『团交』的要求全都被承认了，为何我却无法感到满意，觉得自己好像参加了别的大学集会。离开会场时感受到的是无力感与焦躁感，以及今后对日大的不安感……。我们渴求的对话，希求的『团交』，却无法满足我的欲求。」
在各种想法交错之中，大众团交落幕了。被谣传做过「高层交涉」的秋田明大议长这天在台上鲜少开口，团交结束后，他与全共斗干部前往深夜餐厅时则处于恍惚状态，据说几乎未与其他人交谈[362]。
如后所述，秋田于一九六九年三月遭逮捕，他在被捕后的狱中日记如此写道[363]：「我什么也没说。可以说，几乎从未想过领导其他人这种事情。一个人去领导别人，对我而言，这种事情本身感觉就是一种罪恶。为此有一些人强迫我，或者利用了我。」「因为我感受到，当时我被放在那样的立场，立足于一个深受束缚、无法动弹的场所。我极度厌恶那种状态，却又无计可施。」「从结论来说，我，大概无法扛起放在我肩上的重担（虽然很不想承认此事！）」「但我不能逃离运动，逃避这件事情，在我思想的原点上就被我自身所否定，所以无论如何我都办不到。」
如前所述，秋田在一九六七年羽仁五郎演讲会上遭受暴行的事件中，感到「自己身而为人这件事情，都遭完全否定」。对这样的秋田而言，即便新左翼党派或大学当局把他当作「日大全共斗议长」来利用，使他感到不快，他也无法转身离开斗争。恐怕，对他这位谦虚且守规矩、「极为普通的学生」而言，在变得复杂的日大斗争中担任最高指挥官这种角色，不啻是一种庞大压力，所以大众团交结束后，他才因放下重担而处于恍神的状态。
但秋田的苦难，并未随这天而结束。团交隔天的十月一日，事态出现重大变化。
事态的巨变，起于佐藤荣作首相的发言。大众团交隔天的十月一日，佐藤召开「大学问题阁僚恳谈会」，发言称「日大的大众团交离经叛道」，「甚至走上破坏法律秩序的方向。现在，已经来到该把事情拉升到政治问题的阶段。」如前所述，佐藤是由古田担任会长的「日本会」总裁，他与古田为旧识。加上当时在日本全国超过五十所大学，都在纷争中採取大众团交的方式解决问题，此状况波及全国，推测日本政府有意避免此种事态[364]。
此外，九月四日假处分冲突之际，因学生丢石块而头部受重伤的警视厅第五机动队巡察部长西条秀雄，送医后于九月二十九日死亡。三十日的各家报纸都报导「校园纷争中首位死者，战后公安事件的第三位牺牲者。」
前述的佐佐淳行于一九九五年如此叙述[365]：西条死亡之前，警视厅也同情日大斗争，「只要在大学内、校园自治的范围要求民主化，就不会踏入大学出手干涉；走出校园在街头搞武装行动的场合，则做严厉的取缔。这就是基本方针。」但西条死后，公安第一课长村上健举行记者会，表达「到目前为止，我们抱着理解学生的心情，出手总有节制，但今后绝对不再如此。」「这件事影响非常重大，因为我们所有人都愤怒了。特别是为他举行公祭时，大家见到两个孩子哭泣、依偎在母亲的身旁，更觉得『这绝不可原谅。』」
此外，《文艺春秋》刊登了西条巡察部长遗孀所写的散文〈丈夫被武装斗争所杀〉。该名遗孀指出，在全共斗占据的校舍写有一句标语：「你每掷出一块石头砸中警察，就能得到一根『憩』[iv]香菸；每打中重伤十个警察，就能得到一根Peace香菸。」指责日大全共斗[366]：「为了一根『憩』香菸，就杀了我的丈夫吗？与其说是憎恨，更觉得那不是人该做的事情，我感到的是一种强烈的轻蔑与怜悯。」「这是学生会做的事情吗？」
秋田明大议长在当时的座谈会上说，「对于警官之死，感到心痛」，同时表达自己「对当局的愤怒」，亦即如果不请来机动队，西条就不会死去。也有学生表示「我们对机动队员的死去感到遗憾，但我们也有人双眼失明，也有大量的人头盖骨骨折重伤。」[367]但据当时的报导称，日大全共斗内部亦有人指出「当时那可是一场激烈的战斗，当然会有人死掉」[368]。无论如何，社会上对日大全共斗的观感，因这位警官的死亡而变得严峻。
佐藤首相发言后，更支持警方採取强硬态度，十月二日古田会长等日大高层举行理事会，决定拒绝出席九月三十日约定的于十月三日举行的大众团交。理由是「大众团交不是对谈的场合。三十日校方的意见遭到封锁，在谩骂声与推搡争执等暴力中，校方只能做出违心的发言。我们无法期待三日的大众团交可以成为冷静对话的场域。」[369]某日大干部谈到，「阁议上佐藤首相批评大众团交的发言发挥了影响力。」[370]
尽管如此，大学内部也强烈批评古田会长及其下属理事会竟让事态混乱发展至此，十月七日评议员会上全员一致同意，劝告理事们全数退职。九日的理事会决议现任理事应当全体退职，但也有理事反对退职，因此未如预期做出「全体一致」的决议，对于退职的决议还附加上选出新理事之前仍由现任理事续行其事的条款。此外也未订出选出新理事的时间[371]。
不仅如此，在公布理事会决定的记者会上，记者提问「应当辞职，是吗？应当表达什么？是要辞职吗？还是不辞职？」此时出席记者会的理事东李彦一边弯曲手指有如比划引号般说明「应当」后，又附加了一句「我不会提出辞呈。」[372]
秋田全共斗议长召开记者会表示，「古田会长再度破坏与学生的约定」，「直到校方实现我们要求之前，绝不拆毁街垒」，并指出将在团交预定日的三日举办抗议集会。然而，参加此集会的学生却不到两千人[373]。
集会人数的稀少，反映学生们的失望与挫折感，毕竟集结数万人的大众团交也改变不了校方的态度。艺术学部的某位学生在一九六九年的手记上回想当时状况[374]：「这个斗争即便最终走到大众团交，依旧未能解决任何事情。我已经搞不清楚，现在究竟以什么为敌在作战了。」
到了十月五日，秋田议长及其下八人，因假处分时妨害公务与违反东京都公安条例为由遭到逮捕。之后秋田等人被迫只能转入地下活动。
十月九日，全共斗举行全学总誓师集会，抗议政府介入与校方违背理事全数退职的承诺。但聚集的学生约三千人，可看出全共斗动员能力明显低落[375]。即便校方反悔九月三十日大众团交的承诺，但日大全共斗也提不出下一步方针，只是持续要求再次进行「大众团交」罢了。
根据桥本克彦的回忆，九月三十日大众团交结束后，在艺术学部即可明显见到斗争委员会的活动不再具有活力。因斗争不如预期，未达成目的，「难以聚集学生参加运动者会议，在运动者会议上也几乎没有进行讨论。」[376]
在此状况下，加入新左翼党派的成员仍获得党派提供的行动方针与情势分析，据此他们得以做出明确的发言。新左翼党派也对新加入的日大全共斗学生下达指令，要求他们招募周遭的无党派学生[377]。
不过厌恶这种风潮的无党派学生人数并不少。根据桥本的回忆，「对这种不上不下的状况，能以确信的态度讲述政治性话语一事，本身就让人难以信任，而这样发言的人越是完整地陈述今后方针，就越让人想转身离去。对虚矫言词敏感的人表示『竟然在这种时候高谈阔论』，反而让他们想要远离前来招募的人们。」[378]
不过，大众团交的成果因为佐藤首相的发言而遭背弃一事，反倒加速了新左翼党派的渗透。因为，日大斗争既然无法在校内解决，便很明确上升、转变为国家等级的政治问题。加入社学同ML派的三桥俊明如此回忆道[379]：
「必须打倒以佐藤发言的形式展现于我们眼前的国家。在这种不知该如何是好的时刻，能够以完整词汇加以说明的，就只有新左翼的党派了。」「为了改变日大，不只要改变自己，也必须改变日本，为了这个目标，『党』是必须的，这就是许多人的想法。」「我觉得，突然间自己的想法就被掳获了。内心有一部分受到影响，认为不这样推动日大斗争，就无法获胜。」
新左翼党派的渗透也在日大全共斗内部引发分裂。据桥本回忆，十月艺术学部斗争委员会的成员遭日大全共斗中枢的中核派高层策动，认定被视为第四国际派的艺术学部斗争委员会执行部不够活跃，故导致斗争效果的低落，开始派发诉求解散当前执行部的传单[380]。
不满斗争陷入困境的运动者赞同这样的批评，最终艺斗委现任执行部遭解散并选出新的执行部。接着，新执行部的成员于十月十三日举行「贯彻罢课一百二十日纪念集会」，各新左翼党派运动者也从校外蜂拥而来参加。而当时集会上经常发生的各新左翼党派为了面子而争抢发言顺序的状况也于会上发生，艺斗委的主席制止无效后，甚至放弃会议主席的职务[381]。
这天的集会大约聚集了一千名学生，包含全共斗同情者在内的普通学生皆对新左翼党派的内斗感到厌恶不已。据桥本称，「艺斗委书记局在十月十三日的『贯彻罢课一百二十日纪念集会』过后，几乎完全失去影响力。」一九六九年发行的书籍记录道，当时日大的情势是，「在普通学生思考能否理解新左翼党派思想之前，便对党派争端感到厌烦。」[382]
桥本自承「这段时期几乎都没什么发言，只是铁青着脸。」据他称，「我们原本应有引以自豪之处，那便是自行思考，面对眼前事物，掌握自己的处境，这样的自信。」此处指涉的应该就是日大全共斗中喊出的「主体性」。但桥本在这段时期「认为，以这种想法一路奋斗过来的一切，似乎都失去了效果」，「所有的行动都必须放在新左翼各派的基本战略之下，对此我已完全放弃抵抗。」[383]
各学部的斗争委员会举行自主讲座等活动，试图在街垒内凝聚人气，以恢复斗争初期的活力。根据桥本的说法，「这段时期各学部中似乎为了弥补提不出明确方针的空白感，拼了命地做自主学程。」[384]在为了超越既存大学的意义上，他们也提出了「反大学」的口号。
但此时期的自主讲座已然失去暑假初期的那般活力与新鲜感，逐渐成了仅为在街垒中聚集学生的手段。如第七章说明的横滨国大斗争中亦可见到的状况般，学生们并无能力自行筹设优秀的学程。
许多日大的「自主讲座」也停留在细读杂志或委托名人前来演讲的程度。左派评论家武藤一羊在当时的座谈会上如此叙述[385]：「见到日大某学部的自主讲座计画后让我感到吃惊，简直就像《中央公论》的标题啊。」「要说学生们是否会前来聆听，我看是未必吧。」
「反大学」这个口号也缺乏具体内容。据当时的杂志报导称，询问日大全共斗学生所谓的「反大学」是什么时，他们只回答：「反大学，是很简单的事情啊。聚集在街垒内本身就是反大学，与朋友展开激烈争论，更是反大学」，「那是极其简单又极度困难的事情」等[386]。
艺术学部的某学生于一九六九年的手记中如此写道：「为否定目前的大学学程而实施的自主讲座，太过缺乏内容。」「街垒逐渐让人感到空虚，所以才前来一探」，但却让人感受到「我们最初理想中的街垒，现在竟然落到如此处境。」[387]
在一九六二年的数学部事件中被逐出日大的福富节男于一九六九年写道：「最终，自主讲座沦为斗争指挥部的马戏团表演，只是用来聚集学生的手段，没有成为斗争的主要课题。」他认为，新左翼党派主张的「为日大斗争加上『粉碎安保』等口号，能使斗争更具革命性之类的理论，我个人表示反对。将日大斗争的课题更广泛地『纳入』到安保斗争或反体制运动，反而让日大斗争退步。」[388]
在此情势下，秋田明大于一九六八年十月的座谈会上表示[389]：「绝对没有所谓普通学生游离于领导者的状况。这场战斗的形式是由日大十万名学生对上大学当局。我不认为有一个组织领导学生，而是学生们基于需要形成组织，从直接民主中打造出组织。」
带着初期的日大全共斗形象来审视当前事态的知识分子和新闻工作者，或许有些人相信这段发言。但到了十月，这段发言便让人怀疑了。
十月二十一日，国际反战日到来。如第十三章后述，一九六八年这天，新宿发生大量学生、群众闯入新宿车站内，其行径甚至到了适用狭义动乱罪的状态。此外，社会党、总评派约动员约十八万人，社共共斗动员约五万人，在日本全国举行集会游行。各新左翼党派方面，社学同出动前往防卫厅；革马派、构改派、社青同解放派前往国会；中核派、ML派、第四国际等前往新宿车站阻止美军燃料输送车。
日大全共斗的运动者们，已加入各新左翼党派的人即遵从该党派指示，而其他运动者则以「选择活动最能引人注目的党派，加入该队伍」的方式走上街头。根据桥本克彦的回忆，他们「只是为了给反权力的行动寻找一个空间，无论前往防卫厅、国会、新宿站，什么地方都行。」桥本认为，「这样一来街垒的意义已然变质，仅仅成为〔依新左翼党派〕时程表规划的出击阵地。实在是荒谬至极」，因此选择留在街垒内[390]。
然而，日大似乎已不容分说地被当作新左翼党派据点来运用。理工学部学生组成的日大全共斗情报局内，原本日大学生使用的无线电收发机被用于监听警方无线电，各新左翼党派打电话到日大理工学部，打听警察与其他派系的活动，藉此决定活动方针[391]。
在不清楚斗争将如何发展的状态下，全校依旧维持罢课体制，但只要罢课持续即无法上课，也无法取得学分，因此无法升级、毕业、就业，这种危机感逐渐在普通学生中蔓延。特别是大四生，「因各学部办公室遭封锁，大学无法发行各种就业时需要的文件，受害范围甚广。」[392]
从授课时程来看，如果无法在十一月十八日前解除罢课，重新开始上课，日大的四年级学生必然全数遭到留级。十月三十日，日经联举行经营法曹会议（司法界人士会议），提出「即便已经决定录用，但企业方仍可片面取消该决定」的见解。川崎重工的社长砂野仁发言表示，「最近的学生运动家宛如暴徒啊。企业当然不会录用这种搞乱秩序的学生吧。」[393]
十月十五日，某决定录用日大商学部学生的公司，终于派来人事部负责人，表示「决定录用后已经等了一个月，但纷争毫无结束的迹象。我们公司决定将不从尚处于纷争中的日大任用新职员。」以此事件为契机，获得录用的学生普遍对斗争的态度有所动摇[394]。
十月中开始，法学部、艺术学部、理工学部、生产工学部、农兽医学部等教授会提出大学民主化以及言论、出版、集会自由等改革案，并为解决当前事态及重启授课，开始尝试与学生对话。面对重新开始上课的时限，各学部教授于十月二十八日组成日大教授联合，决议要求理事全数退职与进行校园民主化[395]。
然而该教授会的改革案之中，也包含下述内容[396]：「一如九月三十日的『大众团交』般，在诡谲气氛下得出的结论，即便其中有合理的内容，也无法加以承认。」「筑起街垒，藉由头盔与角材行使『武力』的学生，作为学界中人实在无法认可这种行径。」「学生之间流传着：一部分的书籍类遭部分学生搬出校外，或者只要想要便可取走。……这种行为不仅缺乏身为本校学生的信义，在刑法上也当以犯罪论处。」
这部分是对日大全共斗的指责。换言之，此举可视为教授会企图排除全共斗，对普通学生提出改革案，藉此收拾事态。
十月二十五日，齿学部教授会与学生们为解决当前事态，举行了自家学部的团交。日大全共斗仅被准许作为观察员，进入位于千代田区公会堂的会场二楼。全共斗学生打算进入一楼时，与齿学部普通学生发生冲突，之后又以旁观喧闹的方式阻止议事进行，议长只能以自身权限延期团交[397]。
针对此齿学部团交，桥本克彦有如此纪录[398]：「齿学部打算寻求『解决』，反映出毕业的时机、留级的问题迫近，以及日大斗争持续面临困境等状况。中间派的普通学生见到延毕或留级等『实际损害』及于自身，从这时期开始挥舞起校园正常化的旗帜。」
面对普通学生的动摇，日大全共斗如果不提出大众团交这唯一战术以外的方法，便会落入失去支持的危险中。齿学部团交流会后的十月二十九日，日大全共斗举行全校总誓师集会，但秋田议长考量到难以全校规模实行大众团交，提出今后将透过各学部团交解决事态的方针[399]。但若进入各学部团交，即无法保证全共斗能握有主导权。
在此期间，大学当局也对街垒实施攻击。十月十四日位于郡山的工学部遭武装的体育会学生袭击。十一月八日凌晨一点半，艺术学部的街垒被俗称「关东军」的日大、拓殖大学、东海大学等体育会学生约两百人，率领右翼团体成员使用日本刀、各种刀具、铁炼等进行攻击。艺术学部的街垒内大约只有四十人，他们拼命防卫，扛下对方攻击，直到隔天早晨六点，全共斗的支援部队约四百人赶来，方才击退「关东军」[400]。
隔天早上，逃走较晚的体育会学生成为全共斗的俘虏，被要求做自我批评。另外，沦为俘虏的右翼团体成员「关东军」领导人，被殴打到失去意识，艺术学部的空手道部主将「双手被放在桌上，一根一根地反折手指，之后再以砖块砸烂，并拿铁棒乱殴身体各处，造成脚部三处、手腕一处骨折」的虐待。
艺斗委的学生中也有人出面制止此种私刑。但日大全共斗学生对右翼与体育会憎恨已深，接连表示「不需要把他们当人」，「为了钱而出卖自己的家伙」[401]。更何况，这天全共斗的学生还在为前晚双方造成一百多人受伤的袭击感到愤怒，「根本无力阻止」。
在私刑中手被砸烂的空手道部主将，也就是本章前面曾提及，于斗争初期造访散发批判大学传单的文学社团，表示「我懂你们想说的，但不要用错误的方法」的那位男性。桥本克彦曾与这位主将住在同一租屋处，在回忆录中如此描述他：「T非常讨厌空手道部学长对学弟无可救药地动手施暴，从一年级起，就表示『运动部的这种习惯，与空手道毫无关联。到了我们的世代，一定要停止这种霸凌学弟的恶习』，就是这样的一位男人。」
桥本如此描述后，又接着写道：「这位T袭击街垒因而负伤。无论是敌是友，他只是一个受伤、流血的年轻学生。在这片血海中，日大的老人们拼命寻求自保，拿着不成道理的道理不断正当化自身行径，实在是愚蠢至极。老人们的作为，只是一种利己主义，却拿『反共』这种意识形态粉饰自己的行为。只要他们卖弄这种粉饰，就能挑起学生之间无休止的对立。其结果，就是双方有一百多人轻重伤。T也可说是这些老人们行为下的牺牲者吧。对此我只感到一种无名的愤怒。」
但日大艺术学部长则贴出公告，指出「十一月八日凌晨的闯入事件，大学与学部全然不知情。」[402]接着以此事为藉口举行警备、公安两部会的高层会议，确认「今后校内发生重大非法事态时，必须毫不犹豫请来警队」，确认此要旨后发出公文给管区警察署长[403]。
同时，面对留级与延毕危机，十一月十日，日大全国家长大会于日大讲堂举行，约有七千名担心子女就业的家长聚集，要求尽速解决当前事态并重新开始上课。也有参与家长表示，「我们有的从北海道，有的从沖绳，专程远道而来。」在会场上，当负责人报告有相当多的公司通知「万一学生留级，将自动取消录取」时，会场一片譁然。古田会长并未出席此会，仅送来一份声明，称「因诸般事宜，无法出席今日大会。」[404]
此次家长大会，全共斗派学生约有三百人要求出席，而家长多指责全共斗乃此次纷争的元凶。好不容易等到有家长发声「也让学生说几句话吧」，法斗委委员长才一边流泪一边诉说：「我们也是为了民主化而拼死在战斗啊。」家长虽然同意让未能解决事态的理事全数退职之要求，但其最终目的还是在于要求尽早恢复上课[405]。
在这段期间，大四生也相当煎熬。十一月十四日，法学部辩论会在日大讲堂集合约三百名四年级学生，确定重启授课与撤除街垒，并打算动手拆除法学部的街垒，为此与全共斗方学生发生小冲突[406]。
日大全共斗为处理此等事态，于十一月十五日举行全校四年级生大会，仿效早大斗争等前例，尝试组成四年级生联络协议会。在此大会上，于文理学部组成之四年级生联络协议会表示，「今天四年级生正式组成『四联协』，虽然艰苦迈向日大斗争的胜利，仍须互相鼓励，加紧团结，战斗到最后。」但聚集参加此全校四年级生大会的大四学生，不过约三百人之数[407]。
此时，日大斗争与东大斗争共同成为大学斗争的核心，受到社会上的关注，但实际上内部已经陷于困顿。困境中的日大全共斗于十一月三十日重新向大学当局要求大众团交，但想当然尔校方拒绝了。
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