到了一九六三年，革共同全国委分裂成了「中核派」与「革马派」。从客观的角度来看，分裂的原因仅是因为内部一些琐碎的纷争。

革共同全国委的学生组织马学同遭其他党派所厌恶，因马学同屡屡採取俗称「不请自来的统一行动」，这是指马学同会蜂拥到其他派别召开集会处，主张必须「统一行动」，若对方不接受，马学同便使用武斗棒等武器妨碍该集会。这种行为也被称为「为促成其他党派解散的统一行动」，在学生运动内部可说声名狼藉[223]。一九六二年七月，甚至发生东京社学同委员长佐竹茂遭马学同处以私刑的事件[224]。

马学同与革共同全国委的这种态度，也招来民众的不满。一九六二年七月的参议员选举中，高举「革命的议会主义」口号的黑田宽一成为全国不分区候选人，但得票数仅有二万三千票，远不及极右派赤尾敏的十二万票[225]。

一九六二年，日本政府提出大学管理法（大管法），五月二日池田首相于《朝日新闻》发表谈话，表示「今天的日本，教育恐被当作革命的手段。」「必须改革今天的大学管理制度。」[226]

此法案限制大学的自治，加强文部大臣对大学的管理权，作为镇压学生运动的法律，自然引来抗议运动[227]。十月，马学同派全学联发起总罢课，十一月社学同、社青同、构改派（结构改革派）三派也发起总罢课加以响应，以江田五月（日后成为政治家）担任自治会委员长的东大教养学部为核心，组织了约二千五百人的示威游行。这三派彼此谈不上友好，七月的全国自治会代表会议上甚至发生过戴头盔拿武斗棒互殴的乱斗事件，但此时暂且合作「共斗」。

必须注意的是，头盔与武斗棒最初是被用于内斗的。使用武斗棒攻击机动队，始于一九六七年十月的第一次羽田事件，此事件将于第八章后述。不过在此之前，内斗中使用头盔与武斗棒已然普及。

反对大管法斗争的最高潮，是一九六二年十一月三十日于东大本乡校区召开的「东大银杏行道树六千人集会」。除了共产党派，该集会出现全党派共斗的态势，成为安保斗争以来最大规模的集会。加上全国大学校长的反对，政府放弃将大管法排入国会议程。曾是大管法斗争中东大中央委员会成员的山本义隆、最首悟、今井澄等人，日后成为一九六八年东大全共斗的核心人物。

然而，一九六三年一月，马学同掌控的全学联第三十三届中央委员会召开大会，认为「银杏行道树集会」未对他派进行充分批评，并把此次共同行动视为问题[228]。原本革共同全国委就採取重视劳工的路线，对学生运动的态度不但不积极，而且自认为是唯一路线正确的先锋党，并採取在理论上打倒其他党派的方针。因此才提出：在对其他党派批评不充分的状况下参加统一行动是个问题。接着，一九六三年四月的全学联第三十四届中央委员会上，罢免了提倡与他派採取统一行动的六名执行委员，导致内部分裂。被选为全学联委员长的根本仁批评，统一行动不过是同流合污，分裂后这一派成为「革马派」。

全学联第十七届大会上与根本仁同时被选为副委员长的小野田襄二对此持反对意见，批判此乃独善其身的新左翼党派主义，分裂后他这一派称为「中核派」。一九六三年七月的全学联第二十届大会中，占据会场的革马派撵走中核派，打造出只有革马派成员的全学联执行部，惟代议员未满定额，因此全学联实际上已告毁灭。

与此同时，上层团体的革共同全国委也发生分裂，革共同全国委的理论导师黑田宽一与劳工运动领导者本多延嘉出现了矛盾[229]。

黑田主张，除了革共同全国委之外，其他人领导的劳工运动对革命并无帮助，应全数加以批判。黑田还认为，各职场的劳工基层组织的上层组织，也是与中央指挥部相连的地区党委员会，应当以推进劳工运动为主。简要而言，黑田要求应渗透到最末端的劳工。

与此相对，本多认为既然存在战斗性的工会，就应与对方合作推展行动，并主张革共同全国委的正确性以取得劳工的支持。他还主张，劳工运动须以产业别委员会为核心，因为这些委员会与劳工现场组织关系密切。

革共同全国委的机关报《前进》首先刊登黑田的论文，接着刊登本多批判黑田的论文，将两人的矛盾公开化。然而，这种程度的内部论争，应该不至于造成组织分裂。

小野田襄二如此回忆：「本多害怕若被黑田的逻辑束缚，将有脱离现实之虞，为了加以突破，所以才发表论文吧。」且「黑田论文与本多论文的意见相左之处，只要两人开诚布公商量一番，根本就是能简单解决的问题。」因此，「为何本多在发表〔论文〕前不与黑田沟通？或者，他们没在政治局里轻松讨论吗？」

然而，双方的对立已经形成，此时加上马学同的分裂，革共同全国委于一九六三年分裂。根据小野田的说法，「如此，即便在方针上并没有特别的冲突，依旧朝『昨天的同志成了今天的敌人』演进，朝着不顾自身状况的敌对局势狂奔而去。」包含清水丈夫、北小路敏等许多共产同移入组运动者，以及担任现场指挥的政治局多数派多站在本多一侧。另方面，马学同掌控的全学联中央执行部多数派与动劳则站在黑田一侧[230]。

此次分裂中，在政治局成少数派的黑田派出走，因此黑田派把「革共同全国委革马派」及其下属的马学同皆称为「革马派」。另一方面，本多派继承了「革共同全国委」之名，而全学联内属少数派的学生组织则称为「中核派」。

但此次分裂并非基于在思想上选择黑田或本多的主张。根据小野田的说法，从一直以来的思想倾向来说，「不可能出现早稻田大学前往革马派，法政大学来参加中核派的分裂状况。」「简而言之，就是领导层出现分裂。对我而言，这实在让人感到心情苦涩。」[231]尽管在此之后，如人们所周知，早大成为革马派的据点、法政大则成为中核派的据点。

这次分裂中，共产同移入组与包含多数政治局成员的中核派，拥有领导层的实力。但因学生运动者多前往革马派，导致分裂之初东京都内的中核派学生运动者减少至十八人。不过在领导层的力量加上与其他党派的合作下，中核派恢复了自身势力。另方面，虽然革马派掌握着劳工运动部分，但在中央指挥部大半的学生运动家们年龄都在二十一到二十二岁，因此黑田宽一成为了杰出领袖[232]。

而因这次分裂骚动而感到失望，离开运动或转向其他党派者也不在少数。唐牛健太郎趁机抽身不再参与政治运动。小野田后辈的埼玉大学马学同领导者见到革共同的状况，转而加入共产党的民青，而埼玉大学自治会也成为民青派[233]。

此外，以往由马学同掌控的北海道大学、名古屋大学、鹿儿岛大学、金泽大学等自治会转入民青，九州学联则转入社青同[234]，众组织纷纷出走。一九六三年，东大教养学部自治会选举中隶属「坐禅之会」的无党派学生揭起「追究囫囵咽下既存意识形态的运动者」与「颓废学生运动者责任」的口号，成为候选人，并获得厌恶民青和新左翼各党派的学生们支持，最终当选委员长[235]。

就在各党派四分五裂之际，一九六三年五月，从共产同转投革共同全国委，之后又转入中核派的北小路敏，在日比谷的松本楼举办婚礼。关于这场象徵当时学生运动的婚礼，有如下描写[236]：

聚集在日比谷松本楼的六十人，几乎都是朋友。有隶属敏君组织的人，有全学联时期是好友但如今已绝交的人，现役的全学联人员、支持者、思想前进的剧团成员、外国记者……当他上台开始讲话，就出现令人震撼的场面。

「我也结婚了，不过没有邀请任何人，也没有举办婚宴之类的庆祝仪式。比起这个，我认为你现在的思想就是垃圾，赶紧停止那种愚蠢又错误的运动吧。反正你也听不进去，不过作为老友还是给你个忠告。」

「吃里扒外的家伙，闭嘴，这里可没你的事。」

「像后头那种凑热闹爱嚷嚷的蠢货，就是你的同志。建议你赶紧重新思考一下。」

「结婚什么的，是资本主义社会的古老幻想，所以希望两位尽早离婚，恢复自由之身。」

一位带着三岁女孩来参加婚宴，看来约莫三十多岁戴着眼镜的男子要求起立发言。

「敏君，我是与坐在您旁边的令尊隶属同一组织的人。儿子的婚礼，大家都认为父亲应当出席吧。然而，尽管是父亲，如果在思想上分属立场不同的组织，也不好出席。令尊按捺这种为难仍旧出席了，即便是基于人情义理……」（註：北小路君的父亲是共产党京都府议员）

流泪约五分钟后，婚宴又继续……。

只要有人发言就必定有人喝倒采。一秒钟都没消停过。但是，此处笼罩的异样热烈气氛，倒是像从众人互揭疮疤的伤口中流淌出来一般。因为往昔的汹涌情势，反覆激烈分裂之下而变得弱小的左翼阵营，此处所见景况，宛如左翼的缩影。

北小路之后也作为中核派领袖继续从事运动，不过他的至交鹤见俊辅在二○○三年如此说明[237]：「去年还是前年，北小路写来一封信。那是他太太过世的时候，他太太真的非常支持北小路，甚至去当女侍应。北小路照顾她直到她生命的尽头，因为非常悲伤，给我写了信。」「他是个能力极高的人，如果走入世俗社会，应该能获得崇高的地位。即便如此他仍放弃这条道路，不断从事运动。」

然而现实中的运动不仅持续低迷，而且内斗不绝。掌控各地大学的自治会妨碍其他党派的集会，动用暴力的案例不断出现。

在运动方针方面，党派对抗也不断。虽然在大管法相关斗争上总算组成超党派共斗，但一九六一年起重启的日韩会谈、一九六二年起开始的政府自民党宪法调查会、以一九六一年重开的苏联核试验及一九六四年中国核试验为开端造成禁止原子弹氢弹运动的分裂、一九六四年起搭载北极星弹道导弹的美军核能潜舰停靠横须贺等，需处理的课题众多，但各议题上每个党派的方针都呈现对立状态。

例如一九六三年七月，全学联第二十届大会因由革马派独占，中核派、社青同、社学同、构改派另外召开全国自治会代议员大会，集结全国四十八所大学约三百人。但社学同主张「只需对日韩对谈进行斗争，搭载北极星导弹的潜舰就不会来」，中核派则主张「对搭载北极星导弹的潜舰停靠进行斗争，就能粉碎日韩会谈」，彼此互不相让[238]。

即便如此，联合四派最终妥协，打出两大口号：阻止日韩会谈、阻止搭载北极星导弹的核潜舰入港停靠。一九六三年九月于清水谷公园展开集会，但在联合四派大约二百五十人的集会上，却冲入约一百五十人的革马派，拿角材胡乱展开攻击。最终当天两派分别举行自己的集会，同样的路径上举行了两次个别的抗议游行。这段期间构改派还从联合四派中脱队，社学同则如前述不断陷入内斗与分裂[239]。

一九六四年七月，其他大学的中核派、结构改革派（FRONT）、社青同约一百五十人头戴头盔手持角材作为武器，袭击了革马派的据点早大第一文学部的自治会。遭革马派逼迫的早大结构改革派拜托中核派支援[240]。而中核派也是首次担任其他大学内争中的支援部队。

七月二日夜间，结构改革派、社青同、中核派于鹤卷公园集合后，中核派部队冲入革马派聚集的早大法学部地下室展开乱斗。许多革马派同盟成员边扔掷石块边逃亡，但仍有十人被抓住，遭对方以角材毒打。听到骚动的附近居民与警察赶来制止，搬送负伤的革马派同盟成员，在居民的谩骂声中，中核派部队撤回他们的据点法政大学。据说广播新闻还报导「三名革马派学生死亡」。

尽管这则新闻报导是误报，但这是场激烈到即便有人死亡也不足为奇的乱斗。根据现场指挥的中核派小野田襄二的说法，尽管记得对对方施加私刑的自责感，「为何不把对方当人来看待呢？我内心虽然如此吶喊，可是权力与反权力、革命与反革命、帝国主义与史达林主义、革命马克思主义这些词汇遮盖了我的思考。」

中核派一方的学生则有他们自己的感受。当天，以中核派成员身分参加的横滨市立大学的奥浩平，他的日记中如此记录当天的心情与状况[241]：

至今为止，日本的战斗型学生运动中，「早大一文」占有无可估量的重要意义。……但是，Y派〔因黑田宽一的笔名是山本（Yamamoto），故革马派亦被称为「Y派」〕占据自治会执行部后，一文一举凋零成今日的模样。也不进行分班讨论，其他党派的看板被砸毁，以暴力阻止发放传单。……

今年四月起的运动开展过程中，相较于一文学生委员，结构改革派诸君远远更加团结……。预定于六月三十日举行的委员总会，也预测Y派会展开暴力式的篡夺。他们为了「澈底守护」一文执行部，以S为首的选管会挑选学生委员时，特意不选各分班中打算投票给结构改革派诸君的人……。Y派面对透过主动占领而当选的结构改革派诸君，说「必须只由合法的委员召开会议。要求进行自我批判」，遂打算以十五名的学生委员（Y派所属！）召开委员总会。

……中核派与社青同诸君回应结构改革派诸君的要求，计画重建一文自治会而派遣招募团。

六月二十九日深夜，对于不能澈底打倒Y派的二十人深深感到遗憾。可惜我们无法以棍棒澈底打垮因恐惧而对我们投掷牛奶瓶的S与H。（究竟，S与H在这一年之间全都做了什么！拿棍棒敲碎S Y〔社青同〕的K君，我们的同志手腕骨折，看板被捣毁，这样，早大的学生运动究竟重生出什么！）

三十日委员总会上他们的武斗！我们潜入担任间谍的理科大学生（他说，必须由我亲手打倒！）雇用东C等外部部队，企图翻转总会教室的状况，在结构改革派底下聚集的二百五十个同学（除了我们之外其他还有六十人）愚弄了三十名的武斗要员。

我们与结构改革派、社青同一起带着全首都的愤怒，决意要在七月二日夜晚迫使Y派进行澈底的自我批判。七月三日绝对不许S与H带着得意洋洋的表情在铜像前集会搞分裂行动。

七月二日晚间，我们的失败就在于不能在五分钟内解决这件事。我脑海中描绘在鹤卷公园戴头盔提武斗棒，日本的学生运动最终打倒Y派而获得广泛且长足的发展。经过三个小时的激烈战斗，我们全身被投石砸得鲜血淋漓时，不禁对我们的战术不够完备感到遗憾。

此处可以见到对革马派经年的怨恨升级为暴力的模样，以及意识到透过打倒其他派别可使「日本的学生运动获得广泛且长足的发展」，因此对自身的暴力全无反省之意。

这种抗争持续到一九六四年左右，学生运动陷入最低迷的时期，据说一直处于「动员全首都也聚集不到两百人」的状况[242]。即便如此，一九六四年九月至十月，各地仍展开阻止搭载北极星导弹核潜舰停靠横须贺港的集会，九月在横须贺集会上，社青同国际主义派（第四国际）首次有组织地戴头盔举行示威游行，获得社会上的普遍关注[243]。过往在内斗中便曾使用头盔，但在校外有组织性地戴上头盔，这则是头一次。

在游行中戴头盔，经过一九六五年阻止日韩条约斗争后，逐渐扩散开来。一九六五年二月阻止外相访韩斗争游行中，戴头盔的人数增加。同年十月二十九日的阻止日韩条约全国统一行动中，反代代木派各派大约聚集四百五十人，十一月五日，他们戴头盔的游行队伍在安保斗争后首次抵达国会前广场[244]。

戴头盔的原因之一，在于安保斗争后警方机动队的手段变得非常严酷。机动队员用盾牌包围数十人到数百人的学生游行队伍，从外头只能看到机动队员推进，这种手段成为常态。因游行队伍被机动队所包抄，这种型态也被称为「三明治游行」。